Pedofilinin nedenleri kesin olarak bilinmemekle beraber, çocukluk döneminde yaşanan travmalar, biyolojik nedenler, hormonel işlev bozuklukları gibi pek çok faktörden etkilendiği düşünülmektedir. Yine de bunları kanıtlar nitelikte olan bulgulara henüz ulaşılamamıştır.

Kesin olan şey şudur ki, pedofili öncelikle düşünsel bir işlev bozukluğu durumudur. Bu durumda bunun aslında bir hastalık olduğunu söylemek mümkündür. Bu hastalığa neden olabilecek pek çok faktör vardır. Sonradan mı edinilir yoksa doğuştan gelen bir hastalık mıdır? Bu hala bilinemiyor. Yapılan bazı araştırmalar pedofilik eğilimlerin doğuştan geldiğini gösterse de buna dair kesin kanıtlar sağlanamamıştır. Benzer şekilde, kişinin özellikle çocukluk döneminde yaşadığı çeşitli travmaların cinsel eğilimlerini şekillendirdiği bilinse de, pedofilinin edinilen bir hastalık olduğunu gösteren kesin bir kanıt yoktur.

Öte yandan, pedofili çok ciddi bir düşünsel ve biyolojik bozukluk halidir. Çoğu durumda pedofil birey, tüm yaşamını bu dürtülerini tatmin edebilme şansı bulacak şekilde biçimlendirir. Neredeyse hayatındaki her şey, kendisini tatmin olma sıkıntısına sokan bu dürtülerin kontrolündedir. Hal böyle olunca, uygun şartlar oluştuğunda, mutlaka bir çocuğun mağdur edilme riski ortaya çıkar. Kişinin kendi başına bu durumla ilgili önlemler alması yetersizdir ve %95 oranında bu dürtüler kişiye bir suç işletir. İşte bu nedenle, pedofili eşittir suç tanımlaması ortaya çıkmaktadır.

Pedofili bir hastalıktır demek işlenen suçlar için görece hoşgörülebilir bir yaklaşımı mümkün kılar. Dünyada “ben hastayım tedavi olmak istiyorum” diyerek cezasında indirim alan pek çok failin emsal davaları görülmüştür. Bu konuda tüm dünyada ortak bir çelişki yaşanmaktadır. Pedofili bir hastalık mıdır? Eğer hastalıksa, işlenen suçlar nasıl cezalandırılacaktır? Bazı ülkeler bu soruna çeşitli çareler bulmuşlardır. Kimyasal hadım da bunlardan biridir. Bazı ülkelerde ise pedofil birey cezaevine değil ruh sağlığı merkezlerine gönderilmektedir.

Sonuç olarak, öyle ya da böyle pedofilk dürtüler, pedofil bireyin yaşamayı seçtiği tercihler sonucu doğan dürtüler değildir. Bir şekilde bunlar pedofil kişide gelişim göstermiştir. Bunun kaynağı ve nedenleri hala araştırılmaktadır. Çoğu durumda pedofil birey, hareketlerini değerlendirme yetisinde değildir, yani ona göre normal olan budur. Beyni o şekilde işlev göstermektedir. Bu durumda biz pedofiliyi öncelikle bir hastalık olarak kabul etmeyi uygun görüyoruz. Ne var ki bu hastalık, kendisi için uygun ortamı yarattığı anda suça dönüşebilecek bir hastalık olduğu için , pedofili bir suçtur demek de doğrudur.